A Fiat Ducato második generációján végzett munka már 1987-ben megkezdődött. Giorgetto Giugiaro (Ital Design) volt a felelős a karosszéria kialakításáért. Az új Ducato-nak áttörést kellett jelentenie a haszongépjárművek aerodinamikájának területén, a légállóság optimális (akkoriban) csökkentő képességének köszönhetően. A második generációs Ducato korszerűsített eleje hozzájárult a Cx = 0,35 eredményhez, amely akkor volt a legjobb eredmény az európai kisteherautók között. A régi stílust az idő múlásával teljesen elhagyták. Az új jármű belső, működő elnevezése a Type 230 volt.
A második generációs Ducato-t először 1994 márciusában mutatták be a genfi vásáron. Egy évvel később az olasz kisteherautó első helyezést ért el a rangos Van Of The Year versenyen. Néhány, az előző generációban működő tervezési megoldást fenntartottak. Úgy döntöttek, hogy az elsőkerék-hajtást használják, és a motort keresztirányban helyezik el. Az első felfüggesztés a McPhersons alapú, míg a hátsó merev tengelye van a parabolikus rugóknak. A hangsúly azonban a test sokféle variációjának létrehozására irányult, különböző hosszúságú, magasságú és néhány féle tengelytávval. A Fiat Tolento fejlesztése helyett egyszerűen úgy döntöttek, hogy a Ducato II egy kisebb, kompaktabb változatát készítik, amelynek hossza 4521-5681 mm és tengelytávja 2850-3700 mm. A Fiat Ducato II-t tervezték, hogy modernabb, aerodinamikusabb legyen, és a legszélesebb vevői igényekhez igazodjon. A legelterjedtebbek az 1.9D dízelmotorok voltak. Az elején a 109 lóerős benzinmotor csak egy verziója volt elérhető. 2000. szeptemberében a Fiat Ducato II gyártása megkezdődött a brazil Sete Lagoas-ban.
2002-ben a Fiat Ducato korszerűsítésre került. A karosszéria emelésen felül a jármű belseje és a rendelkezésre álló motorválaszték is megváltozott. Ez volt az első Ducato verzió is, amely elérhető a 4x4-es meghajtással a gyári változatban. Ezen felül a benzinmotorok sorozatát fejlesztették ki. Még mindig két literes egységek voltak, de bevezették a CNG (97 LE) és az LPG (109 LE) motorokat. A megújított kisteherautó belső megnevezése 244 típusú volt. A változások annyira nagyok voltak, hogy sokan a frissített verziót a Fiat furgon teljesen új generációjának tekintettek. A jármű legfontosabb elemei, mint például a futómű, a 230-as típusból származnak. De ezeket a változásokat csak facelift-nek tekintik. Az összes dízelmotor, amely a Ducato II-t hajtotta, Common Rail befecskendezéssel volt ellátva. Ez befolyásolja az égés csökkentését és a motor növekvő teljesítményét. A legerősebb egység 146 LE-t generált. 2005. december 15-én a társaság bejelentette, hogy elkészült a hárommilliárd Fiat Ducato. Ez az eredmény hozzájárult a termelés napi 9 járműre történő növekedéséhez. Érdemes megemlíteni, hogy a Ducato II post-facelifting verziója olyan népszerű volt Brazíliában, hogy 2018-ig gyártották. Ez azért volt lehetséges, mert Dél-Amerikában nem voltak kibocsátási korlátozások.
